Według tradycji w tym miejscu już w XI/XII wieku znajdowała się drewniana cerkiew prawosławna św. Mikołaja, następnie unicka. Spalona w 1643, została odbudowana rok później z fundacji Jana Daniłowicza, właściciela miasta, i jego żony Zofii.
Kolejna (dzisiaj kościół rzymskokatolicki) wybudowana została w 1782 kosztem Adama Kazimierza Czartoryskiego i lokalnego Bractwa Różańcowego. Miała pięć ołtarzy i murowane ogrodzenie od strony rynku. W 1841 wybudowano murowaną dzwonnicę. W 1845 świątynia cudem ocalała w wielkim pożarze miasta. W 1875 została zamieniona na cerkiew prawosławną, podczas przeprowadzonego ponad 20 lat później remontu gruntownie przekształcona (przebudowa frontonu, bizantyjskie kopuły). Podczas I wojny światowej, po ucieczce prawosławnego księdza z armią rosyjską, Niemcy urządzili w niej areszt.
Od 1919 to kościół rzymskokatolicki, w 1921 erygowano parafię św. Józefa. W 1923 wykonano przebudowę na rzucie krzyża według projektu inż. Zygmunta Trojanowskiego - usunięto kopuły cerkiewne, dobudowano dwie kaplice boczne przy prezbiterium, dwie zakrystie i nawę poprzeczną. Fasada odzyskała dawny wygląd, wzniesiona też została nowa brama i dzwonnica. W 2000 na placu przykościelnym stanęły stacje Drogi Krzyżowej według projektu arch. Wandy Jeleniewicz-Ciechanowskiej.
Kościół stoi w północno-wschodniej pierzei rynku (Plac Jana Pawła II). Jest późnobarokowo-klasycystyczny (plus późniejsze przebudowy), fasadą zwrócony na południowy zachód. Murowany, otynkowany, na cokole obłożonym płytkami z piaskowca. Ma rzut krzyża łacińskiego, który tworzy trójprzęsłowa nawa z parą kwadratowych, równych jej wysokością kaplic po bokach oraz prezbiterium zamknięte trójbocznie, ujęte kwadratowymi, niższymi zakrystiami.
Fasada jest jednoosiowa i jednokondygnacyjna, zwieńczona wysokim, parawanowym szczytem. Na osi fasady znajduje się prostokątny portal z wejściem głównym, zamknięty odcinkiem belkowania. Powyżej jest okno zamknięte odcinkowo. Szczyt ujęty jest w pilastry dźwigające trójkątny, niski, ogzymsowany naczółek zwieńczony krzyżem. Spływy zakończone są obeliskami. Pośrodku płaszczyzny szczytu , w konchowej niszy, umieszczona jest rzeźba św. Józefa z Dzieciątkiem.
Elewacje kościoła mają podziały ramowe, zwieńczone są gzymsem. W szczytach kaplic, również zwieńczonych trójkątnym naczółkiem, są małe oculusy. Dachy są dwuspadowe, nad prezbiterium trójpołaciowy, nad zakrystiami połowa czterospadowego, kryte blachą. Nad skrzyżowaniem nawy i kaplic wznosi się ośmioboczna wieżyczka na sygnaturkę z arkadową latarnią i baniastym hełmem.
Wnętrze jest salowe, kryte płaskim stropem z fasetą. Kaplice otwierają się na nawę półkolistymi arkadami. Chór jest murowany, wsparty na na parze toskańskich kolumn, ma pełny parapet ze ślepym, arkadkowym fryzem. Okna zamknięte są półkoliście.
Ołtarze są rokokowe (2 połowa XVIII wieku), główny jest trójosiowy, o wysuniętych łukiem częściach bocznych. Rozczłonkowany jest kompozytowymi kolumnami oraz pilastrami z ornamentem rocaille na kapitelach i trzonach. Dźwigają one faliste belkowanie i ćwierćkoliste naczółki. W zwieńczeniu jest rzeźbiona gloria z obłoków i ornamentu rocaille, po bokach ołtarza duże rzeźby św. Piotra i św. Pawła. Dwa ołtarze boczne znajdujące się w kaplicach są analogiczne, ujęte pilastrami, z wykrojowymi zwieńczeniami z ornamentem rocaille. Neobarokową ambonę (po 1919) wykonał Franciszek Maksymiuk, neobarokowa jest takżechrzcielnica. Na wyposażeniu kościoła jest m.in. regencyjna monstrancja (1 połowa XVIII wieku) i barokowy kielich.
Kościół znajduje się na dawnym cmentarzu otoczonym murowanym ogrodzeniem. W ogrodzeniu, na osi, jest trójprzelotowa brama, wyższa pośrodku, z otworami zamkniętymi półkoliście. Środkowy otwór ujęty jest pilastrami toskańskimi, zwieńczony trójkątnym szczytem. W murze znajdują się kapliczki Drogi Krzyżowej. W zachodnim narożniku placu kościelnego stoi dzwonnica z 1923 roku. Jest murowana i otynkowana, na planie prostokąta. Wysoka, przepruta trzema półkolistymi arkadami.
Źródła:
1. Józef Geresz, Z dziejów kościoła św. Józefa w Międzyrzecu Podlaskim 1596 - 1996, Międzyrzec Podlaski 1997
2. Katalog zabytków sztuki w Polsce, t. VIII, z. 2 - powiat Biała Podlaska, Warszawa 2006
