Pierwszy drewniany kościół został tu ufundowany przed 1543 przez Dobrogosta Dubieńskiego (vel Drohiczyńskiego), dziedzica wsi.
Parafię łacińską erygowano rok później. Kolejny około 1626 wystawił Aleksander Myszkowski z Mirowa, starosta tyszowiecki. Ten w 1648 został spalony przez Kozaków. Nowy kościół, również drewniany, powstał w latach 1667 - 1670 staraniem Jana Aleksandra Myszkowskiego, podkomorzego bełskiego. Obecny kościół drewniany, parafii Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny i św. Marii Magdaleny wzniósł (albo odbudował) w 1778 proboszcz Józef Kobyliński. W 1880 dobudowano do niego kruchtę i zakrystię. Ostatnie remonty świątynia przeszła w 1953 (m. in. dach nad nawą zamieniono na dwuspadowy) i w latach 1982 - 2000 (złocenie ołtarzy, boazeria, żyrandole, stacje Drogi Krzyżowej, odwodnienie i wzmocnienie fundamentów kościoła, wzmocnienie fundamentów dzwonnicy). W ich efekcie również pokrycie gontowe dachów zastąpiono blachą. Pod kościołem znajdują się krypty, w których spoczywają prawdopodobnie fundatorzy i kolatorzy kościoła.
Kościół w Dubie jest orientowany, drewniany o konstrukcji zrębowej, wzmocnionej lisicami imitującymi pilastry, na kamiennej podmurówce. Na zewnątrz i wewnątrz oszalowany (wcześniej ściany wewnątrz wyłożone były pomalowanymi płytami pilśniowymi). Szalunek na zewnątrz jest z desek przybijanych w dolnej części pionowo, wyżej poziomo, zwieńczony wydatnym gzymsem u szczytu ścian. Szczyt dachu kruchty i szczyt dachu nawy oszalowany jest deskami przybijanymi pionowo.
Świątynia w rzucie jest trójdzielna. Do prostokątnej nawy przylega węższe od niej, prostokątne i trójbocznie zamknięte prezbiterium. Przy nim od północy zakrystia z późniejszym przedsionkiem. Od zachodu do nawy przylega czworoboczna kruchta. Kruchta jest przykryta stropem, płaskie stropy w nawie i prezbiterium (na jednym poziomie) są pokryte fasetami. Otwór tęczowy ma kształt łuku półkolistego, na belce znajduje się późnobarokowa (1 połowa XVIII wieku) Grupa Ukrzyżowania – krucyfiks i dwie święte Marie po bokach. Na zachodniej ścianie nawy nadwieszony jest chór muzyczny wsparty na dwóch kolumnach, z tralkowaną balustradą.
Okna są prostokątne. Nad kruchtą i nawą dachy dwuspadowe (pierwotnie nawa była przykryta dachem czterospadowym, kruchta trójpołaciowym), nad prezbiterium dach pięciopołaciowy, niższy. Na szczytach żelazne krzyże. Kościół nie ma wieżyczki-sygnaturki (wg typologii drewnianej architektury sakralnej dokonanej przez Jana Góraka należy do grupy kościołów bezwieżowych).
Wyposażenie świątyni jest regencyjne, częściowo z elementami rokokowymi (1 połowa XVIII wieku), w kolorze białym, bogato złocone. Ołtarz główny regencyjny (1 połowa XVIII wieku), ujęty w pary kolumn, z późnobarokowymi rzeźbami Doktorów Kościoła: św. Ambrożego, św. Augustyna, św. Grzegorza, i św. Hieronima. W zwieńczeniu rzeźba Trójcy Świętej. W polu środkowym znajduje się obraz Najświętszej Marii Panny Niepokalanie Poczętej (1 połowa XVIII wieku). Ma ona gołębia w jednej, a lilię w drugiej ręce. Nad nią aniołki trzymające wieniec różany i gorejące serce.
Ołtarze boczne są architektoniczne. Dwa analogiczne znajdują się po obu stronach tęczy – regencyjne (1 połowa XVIII wieku), ze współczesnymi im rzeźbami. W lewym są to rzeźby św. Józefa i św. Jana Chrzciciela, a w zwieńczeniu aniołów. W polu środkowym znajduje się obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem w metalowych sukienkach i z licznymi wotami (2 połowa XVII wieku), malowany na desce. W ołtarzu prawym jest krucyfiks oraz rzeźby Matki Boskiej Bolesnej i św. Jana Ewangelisty, w zwieńczeniu również anioły. Dwa kolejne ołtarze boczne stoją pod ścianami nawy. Lewy jest rokokowy (po połowie XVIII wieku), z obrazem św. Józefa – prawdopodobnie z tego samego okresu. Prawy – późnobarokowy (około połowy XVIII wieku), ze współczesnymi mu rzeźbami św. Dominika i św. Katarzyny Sieneńskiej, w zwieńczeniu rzeźby aniołów. W polu środkowym obraz św. Marii Magdaleny (1 połowa XVIII wieku), na zasuwie obraz św. Mikołaja (XVII wiek), a w zwieńczeniu św. Jana Nepomucena (XVIII wiek).
Regencyjna jest również ambona (1 połowa XVIII wieku) z baldachimem i schodkami oraz chrzcielnica (1 połowa XVIII wieku) z rzeźbą św. Jana Chrzciciela na baldachimie i obrazem chrztu Chrystusa na zaplecku. Kamienna kropielnica pochodzi zapewne z XVIII wieku. Na wyposażeniu kościoła jest też m.in. obraz św. św. Piotra i Pawła (początek XIX wieku) w klasycystycznych ramach), epitafium Agnieszki z Czarnołuskich Darowskiej (zm. w 1810), późnorenesansowa (początek XVII wieku) ampułka, późnobarokowy (XVIII wiek) krzyż ołtarzowy z relikwiami św. Eugeniusza, św. Teofila i św. Walentego.
Dzwonnica typu „brogowego” (1837) stoi w południowo-zachodniej części cmentarza przykościelnego. Jest drewniana, konstrukcji słupowo - ramowej, oszalowana pionowo. W górnej kondygnacji ma w każdej ścianie potrójne otwory okienne z żaluzjami. Dach ma namiotowy, kryty blachą.
Cmentarz przykościelny wraz z kościołem jest ogrodzony. Zachodnia część ogrodzenia (od frontu) ma formę muru pełnego z filarkami, na których osadzone są kamienne kule (zapewne 1 połowa XIX wieku). Na osi kościoła znajduje się murowana, trójdzielna brama (z dwiema bocznymi furtami), rozczłonkowana pilastrami, z falistym zwieńczeniem, kulami nad filarami i wnęką. Na cmentarzu kamienne, klasycystyczne nagrobki: Wojciecha Troszczyńskiego (zm. w 1827) – w kształcie krzyża na postumencie, i Mikołaja Ziemborowskiego (zm. w 1844) – w kształcie obelisku na trójkondygnacyjnym cokole, zwieńczonego kulą.
Źródła:
1. Jan Górak, Kościoły drewniane Zamojszczyzny, Zamość 1986
2. Jan Górak, Typy i formy drewnianej architektury sakralnej Lubelszczyzny [w:] „Kwartalnik Architektury i Urbanistyki” 1987, z. 3-4
2. Katalog zabytków sztuki w Polsce, T.VIII, z. 17 - Tomaszów Lubelski i okolice, Warszawa 1982
